Kuyucak, Serdar: шукати на сайті Z-Library

Chen, Po-Chia, Kuyucak, Serdar

Рік:

2003

Мова:

english

Файл:

PDF, 252 KB

english, 2003

Developing a Comparative Docking Protocol for the Prediction of Peptide Selectivity Profiles: Investigation of Potassium Channel Toxins

Журнал:

Toxins

Рік:

2012

Мова:

english

Файл:

PDF, 14.15 MB

english, 2012

Free-Energy Simulations Resolve the Low-Affinity Na+-High-Affinity Asp Binding Paradox in GltPh

Setiadi, Jeffry, Kuyucak, Serdar

Журнал:

Setiadi, Jeffry, Kuyucak, Serdar

Рік:

2019

Мова:

english

Файл:

PDF, 1.72 MB

english, 2019

Free-Energy Simulations Resolve the Low-Affinity Na+-High-Affinity Asp Binding Paradox in GltPh

Журнал:

Patel, Dharmeshkumar, Kuyucak, Serdar, Doupnik, Craig A.

Рік:

2019

Файл:

PDF, 1.72 MB

2019

Structural Determinants Mediating Tertiapin Block of Neuronal Kir3.2 channels

Журнал:

Biochemistry

Рік:

2020

Мова:

english

Файл:

PDF, 4.73 MB

english, 2020

Temperature dependence of conductivity in electrolyte solutions and ionic channels of biological membranes

Serdar Kuyucak, Shin-Ho Chung

Журнал:

Biophysical Chemistry

Рік:

1994

Мова:

english

Файл:

PDF, 889 KB

english, 1994

Consistent description of magnetic dipole properties in transitional nuclei

Serdar Kuyucak, Andrew E. Stuchbery

Журнал:

Physics Letters B

Рік:

1995

Мова:

english

Файл:

PDF, 536 KB

english, 1995

Molecular dynamics simulations of gramicidin A in a lipid bilayer: From structure–function relations to force fields

Turgut BaştuĞ, Swarna M. Patra, Serdar Kuyucak

Журнал:

Chemistry and Physics of Lipids

Рік:

2006

Мова:

english

Файл:

PDF, 235 KB

english, 2006

Memory effects in Brownian dynamics simulations of ion transport

Журнал:

Рік:

2005

Мова:

english

Файл:

PDF, 288 KB

english, 2005

Temperature dependence of the transport coefficients of ions from molecular dynamics simulations

Журнал:

Рік:

2005

Мова:

english

Файл:

PDF, 165 KB

english, 2005

Molecular dynamics simulations of calcium binding in gramicidin A

Журнал:

Turgut Baştuğ, Swarna M. Patra, Serdar Kuyucak

Рік:

2006

Мова:

english

Файл:

PDF, 101 KB

english, 2006

Finite system and periodicity effects in free energy simulations of membrane proteins

Журнал:

Рік:

2006

Мова:

english

Файл:

PDF, 192 KB

english, 2006

Application of Jarzynski’s equality in simple versus complex systems

Журнал:

Denis Bucher, Serdar Kuyucak

Рік:

2007

Мова:

english

Файл:

PDF, 618 KB

english, 2007

Importance of water polarization for ion permeation in narrow pores

Журнал:

Рік:

2009

Мова:

english

Файл:

PDF, 437 KB

english, 2009

Shape-phase transitions in the vibron model and bent molecules

Serdar Kuyucak

Журнал:

Matthew Hoyles, Serdar Kuyucak, Shin-Ho Chung

Рік:

1999

Мова:

english

Файл:

PDF, 104 KB

english, 1999

Solutions of Poisson's equation in channel-like geometries

Журнал:

Computer Physics Communications

Рік:

1998

Мова:

english

Файл:

PDF, 1.44 MB

english, 1998

Molecular dynamics estimates of ion diffusion in model hydrophobic and KcsA potassium channels

Toby W Allen, Serdar Kuyucak, Shin-Ho Chung

Журнал:

Biophysical Chemistry

Рік:

2000

Мова:

english

Файл:

PDF, 194 KB

english, 2000

Shape transitions in proton-neutron systems

Serdar Kuyucak, Ka-Hae Kim, Takaharu Otsuka

Журнал:

Physics Letters B

Рік:

1997

Мова:

english

Файл:

PDF, 588 KB

english, 1997

Proceedings of the Australian Physiological and Pharmacological Society Symposium: Ion Channels PREDICTING CHANNEL FUNCTION FROM CHANNEL STRUCTURE USING BROWNIAN DYNAMICS SIMULATIONS

Shin-Ho Chung, Serdar Kuyucak

Журнал:

Clinical and Experimental Pharmacology and Physiology

Рік:

2001

Мова:

english

Файл:

PDF, 313 KB

english, 2001

Ion channels: recent progress and prospects

Shin-Ho Chung, Serdar Kuyucak

Журнал:

European Biophysics Journal

Рік:

2002

Мова:

english

Файл:

PDF, 172 KB

english, 2002

Test of molecular dynamics force fields in gramicidin A

Turgut Bastug, Serdar Kuyucak

Журнал:

European Biophysics Journal

Рік:

2005

Мова:

english

Файл:

PDF, 320 KB

english, 2005

Hexadecapole degree of freedom in the interacting boson model

Serdar Kuyucak

Журнал:

Nuclear Physics A

Рік:

1994

Мова:

english

Файл:

PDF, 540 KB

english, 1994

Shape-phase transitions in mixed parity systems and the onset of octupole deformation

Serdar Kuyucak

Журнал:

Physics Letters B

Рік:

1999

Мова:

english

Файл:

PDF, 135 KB

english, 1999

Permeation Models and Structure-Function Relationships in Ion Channels

Serdar Kuyucak, Shin-Ho Chung

Журнал:

Journal of Biological Physics

Рік:

2002

Мова:

english

Файл:

PDF, 149 KB

english, 2002

Molecular dynamics simulations of membrane proteins

Rashid, M. Harunur, Kuyucak, Serdar

Журнал:

Biophysical Reviews

Рік:

2012

Мова:

english

Файл:

PDF, 580 KB

english, 2012

Affinity and Selectivity of ShK Toxin for the Kv1 Potassium Channels from Free Energy Simulations

Журнал:

Journal of Physical Chemistry B

Рік:

2012

Мова:

english

Файл:

PDF, 734 KB

english, 2012

A model of calcium channels

Ben Corry, Toby W. Allen, Serdar Kuyucak, Shin-Ho Chung

Журнал:

Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Biomembranes

Рік:

2000

Мова:

english

Файл:

PDF, 252 KB

english, 2000

Recent advances in ion channel research

Shin-Ho Chung, Serdar Kuyucak

Журнал:

Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Biomembranes

Рік:

2002

Мова:

english

Файл:

PDF, 381 KB

english, 2002

A C-terminally amidated analogue of ShK is a potent and selective blocker of the voltage-gated potassium channel Kv1.3

Michael W. Pennington, M. Harunur Rashid, Rajeev B. Tajhya, Christine Beeton, Serdar Kuyucak, Raymond S. Norton

Журнал:

FEBS Letters

Рік:

2012

Мова:

english

Файл:

PDF, 882 KB

english, 2012

Mechanisms of Permeation and Selectivity in Calcium Channels

Corry, Ben, Allen, Toby W., Kuyucak, Serdar, Chung, Shin-Ho

Журнал:

Baştuğ, Turgut, Kuyucak, Serdar

Рік:

2001

Мова:

english

Файл:

PDF, 316 KB

english, 2001

Free energy simulations of single and double ion occupancy in gramicidin A

Журнал:

The Journal of Chemical Physics

Рік:

2007

Мова:

english

Файл:

PDF, 1.25 MB

english, 2007

Tests of Continuum Theories as Models of Ion Channels. I. Poisson−Boltzmann Theory versus Brownian Dynamics

Moy, Glenn, Corry, Ben, Kuyucak, Serdar, Chung, Shin-Ho

Журнал:

Corry, Ben, Kuyucak, Serdar, Chung, Shin-Ho

Рік:

2000

Мова:

english

Файл:

PDF, 224 KB

english, 2000

Tests of Continuum Theories as Models of Ion Channels. II. Poisson–Nernst–Planck Theory versus Brownian Dynamics

Журнал:

Рік:

2000

Мова:

english

Файл:

PDF, 357 KB

english, 2000

Continuum Electrostatics Fails to Describe Ion Permeation in the Gramicidin Channel

Edwards, Scott, Corry, Ben, Kuyucak, Serdar, Chung, Shin-Ho

Журнал:

Chung, Shin-Ho, Allen, Toby W., Kuyucak, Serdar

Рік:

2002

Мова:

english

Файл:

PDF, 433 KB

english, 2002

Modeling Diverse Range of Potassium Channels with Brownian Dynamics

Журнал:

Chung, Shin-Ho, Allen, Toby W., Kuyucak, Serdar

Рік:

2002

Мова:

english

Файл:

PDF, 496 KB

english, 2002

Conducting-State Properties of the KcsA Potassium Channel from Molecular and Brownian Dynamics Simulations

Журнал:

Рік:

2002

Мова:

english

Файл:

PDF, 985 KB

english, 2002

Reservoir Boundaries in Brownian Dynamics Simulations of Ion Channels

Corry, Ben, Hoyles, Matthew, Allen, Toby W., Walker, Michael, Kuyucak, Serdar, Chung, Shin-Ho

Журнал:

Baştuğ, Turgut, Kuyucak, Serdar

Рік:

2002

Мова:

english

Файл:

PDF, 282 KB

english, 2002

Role of the Dielectric Constants of Membrane Proteins and Channel Water in Ion Permeation

Журнал:

Takahashi, Takuya, Kuyucak, Serdar

Рік:

2003

Мова:

english

Файл:

PDF, 205 KB

english, 2003

Functional Properties of Threefold and Fourfold Channels in Ferritin Deduced from Electrostatic Calculations

Журнал:

Allen, Toby W., Baştuğ, Turgut, Kuyucak, Serdar, Chung, Shin-Ho

Рік:

2003

Мова:

english

Файл:

PDF, 176 KB

english, 2003

Gramicidin A Channel as a Test Ground for Molecular Dynamics Force Fields

Журнал:

Chen, Po-chia, Kuyucak, Serdar

Рік:

2003

Мова:

english

Файл:

PDF, 309 KB

english, 2003

Mechanism and Energetics of Charybdotoxin Unbinding from a Potassium Channel from Molecular Dynamics Simulations

Журнал:

Baştuğ, Turgut, Kuyucak, Serdar

Рік:

2009

Мова:

english

Файл:

PDF, 1.43 MB

english, 2009

Importance of the Peptide Backbone Description in Modeling the Selectivity Filter in Potassium Channels

Журнал:

Chen, Po-chia, Kuyucak, Serdar

Рік:

2009

Мова:

english

Файл:

PDF, 2.13 MB

english, 2009

Conformational Docking of Multiple Toxins Against Kv1-Channels Highlight Key Motifs For Selectivity

Журнал:

Baştuğ, Turgut, Kuyucak, Serdar

Рік:

2010

Мова:

english

Файл:

PDF, 37 KB

english, 2010

Comparative Study of the Energetics of Ion Permeation in Kv1.2 and KcsA Potassium Channels

Журнал:

Chen, Po-Chia, Kuyucak, Serdar

Рік:

2011

Мова:

english

Файл:

PDF, 298 KB

english, 2011

Accurate Determination of the Binding Free Energy for KcsA-Charybdotoxin Complex from the Potential of Mean Force Calculations with Restraints

Журнал:

Heinzelmann, Germano, Baştuğ, Turgut, Kuyucak, Serdar

Рік:

2011

Мова:

english

Файл:

PDF, 600 KB

english, 2011

Free Energy Simulations of Ligand Binding to the Aspartate Transporter GltPh

Журнал:

Chung, Shin-Ho, Hoyles, Matthew, Allen, Toby, Kuyucak, Serdar

Рік:

2011

Мова:

english

Файл:

PDF, 532 KB

english, 2011

Study of Ionic Currents across a Model Membrane Channel Using Brownian Dynamics

Журнал:

Kuyucak, Serdar, Hoyles, Matthew, Chung, Shin-Ho

Рік:

1998

Мова:

english

Файл:

PDF, 273 KB

english, 1998

Analytical Solutions of Poisson's Equation for Realistic Geometrical Shapes of Membrane Ion Channels

Журнал:

Li, Siu Cheung, Hoyles, Matthew, Kuyucak, Serdar, Chung, Shin-Ho

Рік:

1998

Мова:

english

Файл:

PDF, 370 KB

english, 1998

Brownian Dynamics Study of Ion Transport in the Vestibule of Membrane Channels

Журнал:

Allen, Toby W., Kuyucak, Serdar, Chung, Shin-Ho

Рік:

1998

Мова:

english

Файл:

PDF, 181 KB

english, 1998

Molecular Dynamics Study of the KcsA Potassium Channel

Журнал: